رنگدانه های آلی طبیعی از عصاره های گیاهی یا حیوانی به دست می آیند. آنها نسخه اصلی برخی از رنگ های شناخته شده هستند، اما دوام کمتری دارند. به عنوان مثال، قهوه‌ای مایل به زرد از کیسه‌های جوهر نرم تنان تهیه می‌شد و کوشین از حشرات کوشین استخراج می‌شد. زرد هندی، نیلی و سبز تیره در اصل از گیاهان مشتق شده اند و گل رز اصیل نیز همین گونه باقی مانده است. سیاه عاج، سیاه استخوانی و سیاه تاک از زغال چوب ساخته شده از عاج زغالی، استخوان و انواع خاصی از چوب ساخته می شوند.
قبل از دهه 1850، بیشتر رنگدانه‌های آلی طبیعی بودند، اما با پیشرفت در شیمی آلی، اکثریت قریب به اتفاق با رنگدانه‌های آلی مصنوعی جایگزین شدند، که برخی از رنگ‌های موجود در مواد آلی طبیعی را تقلید می‌کنند. کنترل شکل فیزیکی و رنگ رنگدانه‌های مصنوعی آسان‌تر از رنگدانه‌های طبیعی است، و معمولا نور سریع‌تری دارند و طیف وسیع‌تری از رنگ‌ها را ارائه می‌دهند. رنگدانه‌های آلی مصنوعی امروزی شامل فتالوسیانین‌های روشن و دائمی، کویناکریدون‌ها و پریلن هستند.
رنگدانه های آلی رنگ شده شامل فتالوسیانین، آلیزارین زرشکی، آنتراکینون قرمز (جایگزین سریعتر در نور آلیزارین)، آبی پروس، زرد هانزا، سبز هوکر، نیلی، خاکستری پاین، پرینون نارنجی، و کیناکریدون (همچنین دارای خواص شفافیت) است. اگرچه اندازه ذرات رنگدانه معمولاً نسبتاً یکنواخت است، اما هنوز مقداری مواد آلی رسوبی مانند آبی اولترامارین، بنفش اولترامارین و لاجوردی وجود دارد. رنگدانه های ارگانیک شفاف شامل Rose Madder Genuine، Viridian و Quinacridones هستند که لعاب های زیبایی می سازند.